人和细菌是共生体。肠道菌群就是肠道里的各种细菌，数量有10万亿个，约为人类体细胞的10倍。人体肠道菌大致可以分为三个大类：有益菌、有害菌和中性菌。有益菌，也称之为益生菌，主要是各种双歧杆菌、乳酸杆菌等，可以合成多种人体生长发育必需的维生素、氨基酸，参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收。有害菌，数量一旦失控、大量繁殖，就会引发多种疾病。中性菌具有双重作用，如大肠杆菌、肠球菌等在正常情况下对健康有益，一旦增殖失控，或从肠道转移到身体其他部位，就可能引发许多问题。
说到肠道菌群，要说下肠道微生态的概念，就是寄生于人体肠道内的细菌、真菌等微生物与人体之间相互作用，共同构成一个生态系统。离开了肠道微生物的作用，人体无法单独生成。人体的微生态包括口腔、皮肤、胃肠道、生殖器等多个系统，而肠道微生态是其中微生物数量最多、占据最主要地位的微生态系统。
对肠道菌群来说，人体就是它们的“发酵罐”，它们以未被人体消化吸收的食物为食，人体脱落的一些上皮细胞等也是它们的营养物质；肠道菌群在生长过程中会代谢产生许多化学物质、激素和维生素，这对于维持人体代谢的稳态和提高免疫力有着重要的作用。我们食用的膳食纤维是不能被人体消化吸收的，但却是肠道菌群中有益菌的“粮食”。它们产生的代谢产物由肠道吸收进入血液，进而被人体利用，其中还有一些是人自身不能合成的营养成分，例如维生素D、维生素K等。与此同时，有一些代谢产物可能会对人体有害，例如一些未被消化的蛋白质，或未被吸收的氨基酸，经肠道菌群的腐败作用产生如胺类、吲哚类物质，这些都是有毒有害的物质。
科学研究表明，肠道菌群与消化系统疾病、内分泌系统疾病、精神系统疾病、自身免疫性疾病以及一些感染性疾病都有着密切的关系。比如肥胖，有人抱怨自己“喝水都长胖”，现代研究则证明人体胖瘦与肠道菌群有关。肠道菌群还可以影响人的精神心理健康，如鼠李糖乳杆菌可减轻强迫症、脆弱拟杆菌能缓解孤独症、瑞士乳杆菌有利于治疗焦虑和抑郁症。
现实生活中，有一种现象：同一种药物，对有些人有效，而对有些人却不起作用，或延迟起效，更为严重的还可能产生副作用。为何会出现如此明显的“个体药物反应”？研究证明，也与肠道菌群有关。
肠道菌群平衡被破坏，可危害人体健康。肠道菌群失调常见表现有腹泻、腹胀、腹痛等，服用地衣芽孢杆菌或双歧杆菌活菌等益生菌可缓解上述症状。1700年前的东晋就有利用粪菌治病的实践，葛洪《肘后备急方》记载：“野葛芋毒、山中毒菌欲死者，并饮粪汁一升，即活。”现代研究也证实，将健康人群的粪便菌群，移植到炎症性肠病或艰难梭菌感染患者肠道内，可起到良好的治疗作用。中医脾虚证和湿热证临床表现与肠道菌群失调类似，服用健脾和清热化湿中药可恢复肠道菌群结构、消除临床症状。
肠道微生态与中医药理论，两者均强调整体观和动态平衡。积极维护肠道微生态，有利于促进人体健康，我们应该要注意以下几点：
其一，要平衡膳食，食物要多样化，做到种类齐全，比例适当，并且合理安排一日三餐，保持消化节律、心情愉快、适度运动；
其二，日常医疗保健中，要尽量避免大剂量、长时间使用抗菌素和糖皮质激素，以免引起肠道菌群失调；
其三，一旦发生菌群失调性疾病，要在积极祛除病因的基础上合理使用益生菌，如双歧杆菌、乳酸菌等，促进肠道微生态恢复正常。
其四，中医药疗法有其特色，腹泻、便秘以及其他慢病的调理离不开肠道微生态这个环节，而中药有一些成分是大分子物质，是不能被肠道吸收的，那为什么还有效？就是肠道菌群的因素。中医临床叫“调理脾胃”，但不是千人一方，讲究辨证论治、因人而异。譬如，很多人大便稀溏，老百姓常曰“脾虚”“脾湿”，此情况可以长期服用中成药参苓白术丸，健脾化湿，调整肠道的“土壤”。
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